近幾年，審計署在加強部門預算執行審計、企業領導人經濟責任審計的同時，更加注重積極推進效益審計，從促進宏觀調控政策落實、推進和諧社會建設、規范政府職能行為等方面開展工作，充分發揮效益審計服務國民經濟建設，推動宏觀調控政策落實，促進改革和完善制度的特點。收費公路審計調查正是其中之一。
一、重點關注宏觀調控政策的落實和完善
為了促進我國經濟社會又好又快發展，黨中央、國務院出臺了一系列宏觀調控政策措施。這些政策措施是否得到落實，執行效果如何，政策措施本身是否健全完善，是效益審計關注的重點問題。
“貸款修路、收費還貸”，是國家為促進公路建設發展而制定的一項重要政策。因此，審計署在開展收費公路審計調查時，就把檢查這項政策的執行效果和政策法規本身是否完善作為重要內容。調查中既對收費公路政策執行二十多年來在經濟社會建設方面取得的良好效果進行總結，也對一些地方片面理解“貸款修路、收費還貸”政策以及所產生的后果進行了分析評價。這對國家有關部門完善政策、加強經濟管理提供了重要的決策參考。按照審計建議，國務院有關部門將修改《收費公路管理條例》，交通部已出臺和將出臺十幾項法規，充分體現了效益審計工作服務國民經濟建設的作用。
二、促進政府有關部門提高行政效能，實現科學發展
隨著市場經濟的發展，政府的主要職能將轉變為經濟調節、市場監管、社會管理和公共服務，將把更多的公共資源投入到公共服務中去。但是，目前政府管理“越位”、“缺位”、“錯位”的問題較為突出，公共資源使用效率低的問題普遍存在。因此，在效益審計中，重點關注公共資源的使用是否合理、高效，政府有關部門是否加強市場監管，社會管理職能的履行是否規范。
收費公路審計調查中，審計署重點關注了土地資源的使用，對一些沿海地區在公路密度已很高的情況下大量發展公路所產生的土地資源緊缺作了深入分析；從經濟社會發展的高度，提出經營性公路收費期限過長將大大增加經濟運行成本、影響經濟社會發展；從收費公路權益轉讓中，分析部分項目以銀行貸款抵頂轉讓金所隱含的國家金融安全等問題。督促有關部門加強市場監管，規范收費公路的經營管理，合理配置和使用公共資源。
三、關注民生和社會公平問題，促進和諧社會建設
黨的“十七大”報告提出，要通過發展增加社會物質財富、不斷改善人民生活，又要通過發展保障社會公平正義、不斷促進社會和諧。因此，效益審計更多地關注了民生和社會公平問題，把促進和諧社會建設放在突出位置。
在收費公路審計調查中，審計署高度關注民生和社會公平問題，不僅指出了收費公路建設中拖欠巨額工程款、損害群眾利益問題，還指出了一些部門和單位大搞“特權車”、“人情車”，部分收費公路管理機構臃腫、收費管理人員收入過高等違背社會公平的問題，并力促有關部門認真重視，積極整改，取得了很好的效果。按照審計建議，2007年，監察部、國務院糾風辦、交通部三家聯合對“特權車”、“人情車”進行了清理整頓，有力地維護了經濟社會建設秩序。
四、圍繞項目的決策、建設和運營開展審計調查
實施效益審計工作，就是要在檢查財務收支真實、合法、合規的基礎上，更多地從資金使用效益、資源環境效益、政府行政效能、社會綜合效益等方面進行分析，促進有關部門規范決策，提高資源環境使用效益。
因此，審計署對收費公路的審計調查，不是僅僅檢查收費公路的建設管理和財務收支是否真實、合法，而是從科學發展觀的高度，把收費公路的決策、建設和運營三者聯系起來，對公路的規劃布局、決策審批、運營管理、制度建設等方面作了深刻剖析，指出了收費公路決策機制不完善、建設規模過大、運營管理監管不嚴、制度建設滯后等問題。這些問題得到有關部門的高度重視，國家發改委、交通部明確表示將對收費公路總規模進行控制，將加強收費公路車輛通行費征收、產權交易等行為的監管。
五、從促進科學發展、創建和諧社會提出審計建議
開展效益審計的目的，在于通過廣泛調查掌握行業發展的總體情況，分析當前發展的利與弊，應該適度控制還是大力發展，管理體制是否合理、規范，實事求是評價行業建設、運營和管理情況，最終提出有重要參考價值的審計建議。
因此，收費公路審計調查報告沒有過多地講收費公路建設運營管理中的違法違規問題，而是把重點放在了如何落實科學發展觀、構建社會主義和諧社會、促進國有資產安全完整、推進社會公平的建設上來，并且從促進科學發展、創建和諧社會的角度，提出了中肯的審計建議。
今后，審計署還將繼續加大效益審計力度。將選擇一些涉及財政資金使用、能源資源利用、環境保護等方面的項目，從資金使用效益、資源環境效益、政府行政效能、社會綜合效益等方面進行分析評價，核心是推進政府部門提高公共資源的使用效益，轉變政府職能，實現科學發展。
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